Сан-Паулу вошла в число городов, способствовавших расширению научных знаний о вирусах, присутствующих в окружающей среде. В рамках международного обследования образцы, собранные в столице штата, вошли в набор из почти 3 тысяч материалов, которые анализировались на предмет РНК-вирусов.
В результате работы было каталогизировано 54 945 видовых видов вирусов, причем приблизительно 77% из них отсутствовали в существующих научных базах данных. Данное исследование объединило материалы из 102 городов в 31 стране и привело к созданию UPVAtlas — каталога, посвященного вирусам, найденным в городских и пригородных условиях.
Исследование, опубликованное в журнале Nature Communications, включало образцы из различных источников, таких как больницы, транспортные узлы, банки, часто используемые поверхности, почва, вода и сточные воды. Целью было наблюдение за присутствием вирусов в этих средах без фокусировки на какой-либо конкретной болезни.
Одна из причин такого открытия кроется в традиционном подходе к изучению вирусов. Значительная часть накопленных знаний получена на основе организмов, которые уже были связаны с определенными заболеваниями. Вирусы, не вызывающие известных проблем, получают меньшее внимание.
Чтобы углубить понимание, исследователи напрямую проанализировали генетический материал, извлеченный из образцов. Использовалась методика, известная как метатранскриптомика, которая позволяет одновременно секвенировать молекулы РНК, присутствующие в данной среде. Этот процесс генерирует миллионы генетических фрагментов.
Для отделения вирусных компонентов исследователи применили geNomad — биоинформатический инструмент, разработанный Антониу Педро Камарго, профессором Химического института USP и одним из авторов исследования. Сравнение последовательностей выявило группы вирусов, сильно отличающиеся от уже каталогизированных. Поэтому авторы предположили существование двух потенциально новых филумов и нового класса РНК-вирусов, хотя эти классификации пока являются предварительными, поскольку были определены посредством компьютерного анализа.
Несмотря на большое количество обнаруженных вирусов, около 55 тысяч, это не означает появление новых угроз для здоровья в городах. Было возможно предположить возможного хозяина лишь для примерно трети проанализированных последовательностей. Среди результатов 60 вирусов продемонстрировали высокую вероятность заражения человека, а еще 47 были связаны с возможными инфекциями у других млекопитающих. Обследование также идентифицировало 166 бактериофагов, то есть вирусов, поражающих бактерии.
Кроме того, исследование показало, что вирусное разнообразие варьируется в зависимости от среды. Почва и осадки показали большое разнообразие, тогда как городские поверхности имели меньшую видовую представленность. Сточные воды стали исключением и оказались среди сред с наибольшим разнообразием.
Для ученых этот каталог может послужить отправной точкой для последующего мониторинга этих вирусных сообществ. Сравнительный анализ между различными городами и средами поможет понять, как меняется это разнообразие с течением времени.