Xitoy olimlar boshchiligidagi jamoa Cell jurnalida guruchning butun hayot siklini — urugʻdan gullash va donaning toʻlib ketishigacha boʻlgan davrni qamrab oluvchi birinchi navi uch oʻlchovli fazoviy-vaqtinchalik hujayra atlasini eʼlon qildi. Bundan tashqari, tadqiqotchilar global ilmiy xodimlarga guruchning yagona hujayrali maʼlumotlariga asoslangan portal va fundamental modelni taqdim etdilar.
«A spatiotemporal lifecycle atlas decodes spatial coordination in rice» nomli maqola sentabrning 6-kunida kechqurun internetda joylashtirildi. Tegishli muassasa Janubiy fan va texnologiya universiteti boʻlib, nashr uchun javobgar mualliflar orasida professor Hunwei Guo sanab oʻtiladi. Ushbu universitetlar va BGI maʼlumotlariga koʻra, hamkorlik Yachzhouwan Milliy laboratoriyasi, BGI Research, Huachun qishloq xoʻjaligi universiteti, Wuhan universiteti va Xitoy Fanlar akademiyasining Genetik va biologik rivojlanish instituti bilan amalga oshirildi.
Atlas BGI tomonidan yaponcha Chunhua 11 sortida olingan yagona yadroli RNA sekventlash va Stereo-seq fazoviy transkriptomikasi hamda yangi toʻliq genom referans genomini birlashtirish orqali yaratildi. U 61 bosqich davomida 10 turdagi organ va toʻqimalarni qamrab oladi. Maʼlumotlar taxminan 851 725 yadroni va 347 640 fazoviy hujayralarni profilallashtiradi, 119 ta hujayra turi va 133 ta podturini aniqlaydi.
Chiqarilgan rivojlanish yoʻnalishi dastlabki embrion holatidan yetuk organlarga qadar hujayralarning holatlarini bogʻlaydi. Selektorlar uzoq vaqtdan beri bitta xususiyatni yaxshilaydigan, ammo boshqalarni buzadigan genlar muammosi bilan duch kelishmoqda. Atlas funksional genlar turli toʻqimalarda va turli bosqichlarda aynan qayerda faoliyat yuritishini koʻrsatadi. BGI Research hamkorlari genlarni soʻrash, fazoviy ifodani koʻrish va taqqoslash uchun Rice Spatio Temporal Atlas portalini ishlab chiqdilar. Guruch uchun yagona hujayrali maʼlumotlarga asoslangan fundamental model boʻlgan RICE scGPT modeli boshqa tadqiqotlardagi oʻxshash naqshlarga ega hujayra turlarini annotatsiya qilishga yordam beradi.
BGI tomonidan qayd etilgan natijalar orasida auksinga javob beruvchi OsARF1 regulatori koʻplab rivojlanish shoxlanishlari bilan bogʻliq, ular asosan turli prognoz qilinadigan maqsadlarga ega boʻlib, bu master-genni tahrirlash taʼsirining qanchalik keng tarqalishi mumkinligini namoyish etadi. Fazoviy xaritalar shuningdek, donaning toʻlib ketishi paytida kraxmaldan bogʻliq genlarga yoki zaxira oqsillar genlariga yoʻnaltirilgan tashqi endospermda dorsal va ventral dasturlarni tasvirlaydi.
China Central Television IT Home ga murojaat qilib, ushbu resurs seleksiya dizaynini yanada aniqroq tashkil etishga yordam berishi kerakligini, tadqiqotchilarga umumiy oʻzgarishlar oʻrniga kontekstga xos modullarga qaratilish imkonini berishini taʼkidladi. Mualliflar ushbu atlasni guruch oʻsimligining hujayradan-hujayra qurilishi qanday sodir boʻlishini tushunish uchun qayta ishlatiladigan asos sifatida taqdim etishmoqda.